早期患者可有乏力、疲倦、腰部疼痛、纳差；水肿可有可无，水肿部位往往出现在眼睑、颜面及双下肢，一般为轻中度水肿，在慢性肾炎未引起尿毒症时很少出现胸水、腹水等。有的患者可无明显临床症状。实验室检查多为： 尿异常，中等程度的蛋白尿，24小时尿蛋白定量在2g左右，常为非选择性蛋白尿。肉眼血尿或镜下血尿也是慢性肾炎尿改变情况之一，用尿沉渣镜检查， 90%以上的为变形红细胞血尿，少数为均一型红细胞血尿。除蛋白尿、血尿外，尚可有管型尿、尿量的变化、尿比重及尿渗透压的异常。肾功能正常或轻度受损，这种情况下可持续数年，甚至数十年，肾功能逐渐恶化并出现相应的临床表现，进入尿毒症。有的患者除上述慢性肾炎的一般表现外，血压持续性中等以上程度升高，一般收缩压在 20～22.7kPa左右，舒张压在12.7～14kPa左右，通常用利尿剂和β受体阻滞剂如心得安后，血压可得到有效控制。伴有高血压患者可有眼底出血、渗血、，甚至视乳头水肿，如血压控制不好，肾功能恶化较快，预后较差。另外，部分患者因感染、劳累呈现急性发作，或用肾毒性药物后病情急骤恶化，经及时去除诱因和适当治疗后病情可一定程度缓解，但也可能由此而进入不可逆慢性肾衰竭。多数慢性肾炎患者肾功能呈慢性渐进性损害，肾功能进展快慢主要与病理类型相关，但也与是否合理治疗和认真保养等相关。
慢性肾炎临床表现呈多样性，个体间差异较大，故要特别注意因某一表现突出，而易造成误诊。如慢性肾炎高血压突出而易误诊为原发性高血压，增生性肾炎感染后急性发作时易误诊为急性肾炎，应予以注意。
